Биология × программирование
Исследовательский опыт, анализ биологических данных и production-разработка на Python.
ПО для BioTechНГУ, генетика и биоинформатика. Диплом с отличием.
KU Leuven: бактериальные малые РНК и регуляция экспрессии.
BMC Microbiology, 2014; международные конференции по вычислительной биологии.
Демонстрационные проекты
Небольшие воспроизводимые проекты с тестами и синтетическими данными. Они показывают заслуживающую внимания структуру workflow и обработку результатов. При этом, не являются диагностическими инструментами или готовыми методами для публикации.
Nextflow · варианты · ClinVar
Учебный пайплайн для небольшой DNA-панели: контроль качества, выравнивание, поиск SNV/indel и отчёт по Pathogenic / Likely pathogenic вариантам из локальной таблицы ClinVar.
Поток: FASTQ → fastp → BWA-MEM → samtools → bcftools → TSV и Markdown-отчёт.
Nextflow, Python, bcftools, MultiQC, Docker, CI
Открыть gene-panel-clinvar на GitHubSnakemake · RNA-seq · operons
Пайплайн бактериального RNA-seq с подсчётом экспрессии и отдельным Python-шагом, который оценивает, насколько согласованно меняются гены одного оперона между контролем и стрессом.
Поток: FASTQ → fastp → Bowtie2 → samtools → featureCounts → MultiQC → CSV и Markdown-отчёт.
Snakemake, Python/pandas, featureCounts, MultiQC, Docker, CI
Открыть ecoli-rnaseq-operons на GitHubDjango · CSV/TSV · Snakemake · Nextflow
Интерактивная проверка таблиц образцов: обязательные колонки, FASTQ-пары, дубли, условия и реплики. Экспортирует нормализованный samples.tsv и конфиги workflow.
Пайплайны QC, alignment и variant calling, воспроизводимые расчёты, научные базы данных и web-инструменты для аналитиков.
Открыть IT-предложениеОбсудим задачу
Коротко опишите запрос. Ответим в Telegram или по указанному контакту.